转为教练后，森保一曾执教日本U19青年队在亚洲青年锦标赛上带队获得过亚军。2011日本J赛季结束后执掌广岛三箭俱乐部帅印。在2012年、2013年和2015年夺得三届J1联赛冠军，他也获得了2015年日本最佳主教练等荣誉。然而2017赛季，广岛三箭因为主力出走，深陷保级泥潭。
2017年7月4日，广岛三箭俱乐部发布正式通告：球队主教练森保一辞职。
2018年7月26日，日本足协宣布森保一正式担任国家队主帅，并兼任日本国奥队主帅。
2022年11月，森保一带领日本国家队参加2022年卡塔尔世界杯。
两场胜利的赛后，森保一在队员、媒体面前的表态，可谓谦虚自信、热血沸腾，并且成功出圈，令中国球迷纷纷点赞。
但事实上在日本国内，球迷对于他的态度，可以说经历了冰火两重天。
第一场比赛击败德国队后，他在日本国内好评如潮，人气爆棚，可日本队0-1输给哥斯达黎加队的第二场比赛后，他又被日本球迷骂了个狗血淋头。媒体人骆明直言不讳地批评了日本队主帅森保一的保守。
骆明点评写道：“越带越保守，这是亚洲土帅的宿命。
在日本队与西班牙队开打之前，森保一信誓旦旦地说，我们的目标就是赢下西班牙。日本球迷觉得他是痴人说梦，但最终晋级的结果，让日本球迷的态度又来了一个180度大转弯。
有人说森保一是运气好；有人说他是戏精，善于麻痹对手；也有人说，他只是很会煲“心灵鸡汤”，能把球员的战斗力完全激发出来；也有人说他阅读比赛的能力超群，总能抓住时机翻盘。
但其实无论哪一点，都是一名主帅能力的体现。
其实赛前觉得日本有机会赢，看完上半场又发现日本完全没有机会，技术比不过，身体也不占便宜，谁知道下半场又反转。一场可以说巧合，两场下来森保一确实有智慧，看到了别人看不到的东西，这也是为什么日本可以创造这种奇迹的关键因素。森保一还强调：展现出了自己的韧劲，始终保持团结一心。而日本的战术还是一样，就是下半场发力的套路。只是来到淘汰赛之后，估计很难奏效了。毕竟大家都知道日本是这样的结果，那么这就意味着森保一需要准备更多的套路。
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